Como unas imágenes valen mas que mil palabras y en video explicativo mucho mas, aquí os paso el enlace de este fantástico videotutorial sobre la aplicación
Subler..
Lo he probado y una película de 8 gigas, (furia de titanes) ha tardado 20 minutos. Y no solo eso, además puedes añadir o quitar pistas de audio, añadir o quitar subtitulos y además te busca metadatos para que no tengas que hacerlo tu en tu librería de ITunes.
Para mi handbrake es el pasado.
Parte 1.Parte 2.