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No entiendo eso de que se pueda compilar un binario con soporte simultáneo para 32 y 64 bits. Hasta donde yo sé, en el mundo PC siempre se han creado binarios para 32 y 64 bits de forma independiente (un ejecutable para cada arquitectura).
Pero, en cualquier caso, esto va a significar que todas las apps van a aumentar de tamaño para poder dar soporte a los 64 bits, como consecuencia de ese código adicional, eso es seguro. Lo que está por ver es en cuánto se traducirá este aumento de tamaño, a lo mejor es despreciable.
Lo ideal sería que la App Store detectara la arquitectura del dispositivo móvil y, si éste soporta 64 bits, descargara al dispositivo la versión de 64 bits en lugar de la de 32 bits. O sea, que la App Store mantuviera ambas versiones de cada app y eligiera la más conveniente para el dispositivo en la que se descarga. De ese modo, se tienen los ejecutables con un tamaño más reducido en el dispositivo, ocupando menos espacio.
A ver si algún desarrollador de iOS que ande por aquí puede decir algo al respecto.