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Si ya lo tienes instalado te debe aparecer en el Safari sin hacer nada. Has probado a realizar una descarga desde Safari?
Para descargar con el safari download manager un archivo a otro directorio cuando estes en megaupload,rapidshare...etc cuando te salga "descargar archivo" pincha en descargar archivo 2 o 3 segundos hasta que se despliegue un menu que te pondra download en rojo,podras elegir donde guardarlo.
Me lo he instaldado y desinstalado tropecientas veces por que creo que no se instala bien.
Sigo los pasos para instalarlo, y luego en Ajustes del ipad me aparece por abajo el icono del download manager pero a la derecha me dice en ingles que no se pudo instalar o abrir las preferencias del manager.