¿Como gestionar sincronizados con varios ordenadores sin Dropbox?

Este es mi primer post asi que dare una pequeña opinión sobre mi Ipad. Tengo un ipad 2, y me parece un dispositivo muy bien contruido y con unas aplicaciones geniales (sobre todo para musica gracias a su poca latencia). Lo que no me gusta nada es que cada programa tenga que cargar los archivos sin abrirlos directamente, sobre todo los pdf. Me he decidido a usar Goodreader pero es un engorro por medio de dropbox para apuntes de clases y cosas así, ya que si tienes un libro en pdf de 200MB el hecho de sincronizarlo es una eternidad, y si tienes más te desesperas ya que puedes facilmente tener que sincronizar 1gb cada vez que modificas algo (una eternidad con la velocidad de 2 MB escasos que tengo de conexión). había pensado que si me compraba el kit camara podría usar los archivos independientemente en PC y Ipad sin pasar por Dropbox, pero me da que cada que no los cargara directamente. ¿Hay alguna forma para usar los archivos pdf como los gestiona Android y Windows en Goodreader? Lo que me gustaría hacer es tener mis libros en una usb y usarlos directamente y poder usar anotaciones, subrayados,...