Duda diferenciación aplicaciones Ipad-Iphone

Hola buenas, tengo un problemilla que no se como resolver... no se si todos teneis dicho problema por ser algo de iTunes o es que estoy haciendo algo mal...

¿Como diferenciais las App que quereis tener en el iPad y en el iPhone? en el iPad tengo unas y en el iPhone tengo otras, no quiero en ambos dispositivos las mismas, y sin embargo el iTunes cada vez que conecto uno u otro me aplica los mismos cambios...

Saludos y gracias por adelantado