Itunes me ha borrado un montón de aplicaciones.

Hola a todos.
Tengo un ipad desde hacer un par de meses, y hasta ahora todo iba bien. He usado itunes lo menos posible, pues no termino de enterarme del funcionamiento del programa, pero las veces que lo he usado todo fue bien.
Mi problema es el siguiente: hace poco mi padre se hizo con otro ipad, y lo metí en itunes con otro nombre distinto al mío. Todas mis aplicaciones se copiaron al ipad de mi padre cuando lo sincronicé, supongo que es porque la biblioteca es común para los dos ipads. Como muchas de esas aplicaciones no le interesaban, las borré de su ipad.
Pero hoy, al conectar mi ipad a itunes, ha comenzado a sincronizar y me ha borrado un montón de aplicaciones (creo que justo son las que no tiene mi padre).
Supongo que tiene que haber alguna manera para que esto no pase, pero no se cómo hacerlo. ¿Me podéis ayudar?
Gracias.

Hola!
No debería de pasarte eso, las bibliotecas de aplicaciones si quieres no se comparten entre iDevices. Quita esta selección a ver....

Muchas gracias, lo probaré. Pero entonces se pueden crear dos bibliotecas distintas, una para cada ipad?