Tras formatear pc itunnes desaparece

Es lo que me ha pasado, se estropeo mi pc con Windows xp, al arreglarlo tuvieron que formatearlo y ahora itunnes ya no esta. Volví a bajar otra vez itunnes pero al conectar el iPad dice que solo puede conectarse a un itunnes y si sincronizo solo reconocerá lo comprado en Apple, el resto se borrara.
Tengo un montón de ibooks y música que voy a perder y no me apetece tener que volver a buscarlo, sabéis si hay alguna manera de desvincular el iPad a la primera itunnes o cualquier manera de guardar en algún sitio todo lo que se va a borrar antes de sincronizar?
He hecho una copia de seguridad en iCloud pero creo que solo guarda lo mismo que se sincroniza con la nueva itunnes.
Gracias.

A mi lo que me ha sucedido es que todo pasa a itunes pero luego, una vez que restauré el ipad, las apps no compradas quedaban en itunes y no pasaban a ipad. Pero con las demás apps y archivos de música, fotos e ebooks jamás perdí nada.

Deberías poder enchfar el ipad y hacer copia de seguridad tranquilamente.

Gracias por contestar, los ibooks de los que hablo no son comprados, los comprados si que pasan al nuevo iTunes y creo que también pasarían lo que he ido bajando de la red y que aun no había sincronizado con el anterior iTunes. De momento estoy a la espera, total no pasa nada si no sincronizo.
De momento bajo los ibooks directamente al iPad y no necesito sincronizar pero el día que cierren la pagina(epubgratis.me), no me quedara mas remedio si quiero pasarlos desde mi pc...

Podría alguien decirme si hay alguna solución?
Quisiera poder "desvincular" el iPad a la antigua iTunes porque ya no existe en mi ordenador....
Si esto no se puede hacer como puedo guardar mis ibooks no comprados en Apple?
Puedo hacer una copia en iCloud o de alguna otra forma, gracias de antemano...